Die gesetzliche Grundlage für die APAK und deren Aufgaben ist die Wirtschaftsprüferordnung (WPO).

Ihre Funktion als solches nahm sie am 01. Januar 2005 auf, nachdem sie am 27. Dezember 2004 durch das Gesetz zur Fortentwicklung der Berufsaufsicht über Abschlussprüfer in der Wirtschaftsprüferordnung begründet wurde.

Grundsätzlich kann die APAK aus mindestens sechs und maximal zehn ehrenamtlichen Mitgliedern bestehen, die durch das Bundesministerium für maximal vier Jahre ernannt werden. Diese stammen aus verschiedenen Bereichen wie Wirtschaft, Wissenschaft, Finanzwesen oder Rechtsprechung.

Die Aufsichtsbereiche erstrecken sich auf die folgenden Sektoren:

- Wirtschaftsprüferexamen und Prüfungen als vereidigter Buchprüfer
- Eignungsprüfung zum Wirtschaftsprüfer oder vereidigten Buchprüfer für im Ausland qualifizierte Abschlussprüfer
- Bestellung von Wirtschaftsprüfern und vereidigten Buchprüfern
- Anerkennung von Prüfungsgesellschaften
- Widerruf von Bestellungen und Anerkennungen
- Registrierung
- Berufsaufsicht
- Qualitätskontrolle
- Annahme von Berufsgrundsätzen durch die Wirtschaftsprüferkammer

Sollte es zu grenzüberschreitenden Aufsichtsvorgängen kommen, dann arbeitet diese Einrichtung mit den dafür zuständigen ausländischen Stellen zusammen.

Das oberste Ziel der Kommission ist die Überwachung aller Abschlussprüfer, d.h. Wirtschaftsprüfer und vereidigte Buchprüfer, die gesetzlich vorgeschrieben Abschlussprüfungen vornehmen.

Um ihre Aufgabe effektiv zu realisieren und die Ziele zu erreichen, werden der APAK durch die Wirtschaftsprüferordnung einige Befugnisse eingeräumt:

- Teilnahme an Sitzungen der Organe und sonstigen Gremien der WPK
- Informationsanspruch gegenüber der WPK
- Einsichtsrecht in aufsichtsrelevante Vorgänge bei der WPK
- Rückverweisung von Entscheidungen der WPK zur nochmaligen Entscheidung (Zweitprüfung)
- Erteilung von Weisungen gegenüber der WPK unter Aufhebung ihrer Entscheidungen (Letztentscheidung)
- Hinzuziehen von sachverständigen Dritten fallweise zur Beratung