Das oberste Organ der Finanzagentur ist die Geschäftsführung bestehend aus zwei Geschäftsführern, die jeweils für verschiedene Bereiche zuständig sind. Diese Sektionen bzw. Abteilungen bestehen zum Einen aus Strategie, Handel- und Emissionsgeschäft und Privatkundengeschäft und zum Anderen aus Abwicklung und Depot, Informationstechnologie und Finanzen, Controlling und Administration.

Die Aufgaben dieser einzelnen Abteilungen sind dabei wir folgt aufgeteilt:

Strategie:
- Portfoliomanagement
- Marktanalyse
- Financial Engineering
- Zinsausgabenplanung

Handels- & Emissionsgeschäft:
- Planung
- Risikomanagement Front Office
- Handel

Privatkundengeschäft:
- Recht & Grundsatz
- Produktentwicklung/ Steuerung/ Marketing
- Front Office
- Service-Center

Abwicklung & Depot:
- Recht & Grundsatz
- institutionelle Geschäftsabwicklung
- Schuldbuch Privatkunden

Informationstechnologie:
- Planung & Architektur
- IT-Sicherheit
- Infrastruktur und Betrieb
- Anwendungsmanagement
- Anwendungsentwicklung
- IT-Projekte

Finanzen/ Controlling & Admin:
- Berichtswesen Bundeshaushalt
- Organisation
- Personalwirtschaft und Logistik
- Finanz- und Betriebswirtschaft
- Rechnungslegung und Financial Support Services
- koordinierte Leitung

Zusammenfassend kann man also die folgenden Aufgaben der Bundesrepublik Deutschland Finanzagentur GmbH zuschreiben:

- Dienstleistungen bei der Emission von Bundeswertpapieren
- Kreditaufnahme mittels Schuldscheindarlehen
- Einsatz derivativer Finanzinstrumente
- Geldmarktgeschäfte (Aufnahme und Anlagen) zum Ausgleich des Kontos der Bundesrepublik Deutschland bei der Deutschen Bundesbank
- Privatkundengeschäft mit Bundeswertpapieren
- Führen des Bundesschuldbuchs
- Erarbeitung von Marktanalysen und Modellen zur Portfoliosteuerung
- Vorbereitung von Entscheidungsalternativen zur Umsetzung der Geschäftspolitik
- Liquiditätssteuerung
- Risikoüberwachung
- Werbung, Presse- und Öffentlichkeitsarbeit für Bundeswertpapiere