Demnach ist vorgeschrieben, dass die EU-Kommission von einem Ausschuss unterstützt wird, um die Durchführungsbefugnisse zu kontrollieren und sicherzustellen. Hierbei handelt es sich um ein Diskussionsforum aus Vertretern der Mitgliedstaaten. Dadurch hat die Kommission die Möglichkeit, vor der Durchführung mit den einzelnen Staaten und zuständigen Rechtsbehörden in Kontakt zu treten und herauszufinden, ob die Maßnahmen für das jeweilige Land geeignet sind.

Vor der Zusammenarbeit der Kommission und der Ausschüsse wird ein Komitologie-Beschluss getroffen. Hier sind zum Einen die Modelle für die Zusammenarbeit festgelegt und zum Anderem wird dadurch dem EU-Parlament ein Mitspracherecht (Interventionsrecht) eingeräumt. So können Vorhaben der Kommission eingeschränkt werden, sofern das Parlament dem nicht zustimmt, da es beispielsweise über die vorgesehenen Durchführungsbefugnisse der Kommission hinaus geht.

Hinsichtlich der Verfahren für die Beschlussfassung der Durchführungsmaßnahmen und der Aufgaben werden grundsätzlich die folgenden Ausschüsse (Verfahren) differenziert:

1. Beratende Ausschüsse
Bei diesem Verfahren legen die Ausschüsse ihre Stellungnahme der Kommission vor, die versuchen muss, diese zu berücksichtigen. Die Ausschüsse sind also eher beratend tätig.

2. Verwaltungsausschüsse
Hier wird ebenfalls die Stellungnahme bei der Kommission vorgelegt. Sollte aber das Vorhaben der Kommission nicht mit dieser Stellungnahme überein stimmen, so müssen die Vorschläge den EU-Rat vorgelegt werden. Dieser kann mit einer qualifizierten Mehrheit innerhalt einer festgelegten Frist einen anderen Beschluss fassen.

3. Regelungsausschüsse
Auch bei diesem Verfahren sollten die Kommissions-Vorhaben mit den Stellungnahmen der Ausschüsse übereinstimmen. Bei Abweichungen müssen die Vorschläge dem EU-Rat und dem Europäischen Parlament (zur Information) vorgelegt werden. Nun kann der Rate innerhalb einer bestimmten Frist (maximal 3 Monate) entweder zustimmen oder Änderungen vornehmen.

-> Reagiert der Rat mit Ablehnung, hat die Kommission die Möglichkeit, einen neuen, geänderten oder den alten Vorschlag erneut zu unterbreiten.
-> Gibt es gar keine Reaktion auf den ersten Vorschlag, dann kann die Kommission die Durchführungsmaßnahmen festlegen.

4. Ausschüsse für regelungsverfahren mit Kontrolle
Der Rat und das Parlament erhalten hier die Möglichkeit, Maßnahmen für allgemeine Änderungen von eher unwesentlichen Bestimmungen eines angenommen rechtsaktes zu kontrollieren. Bei Ablehnung durch eines der beiden Organe darf die Kommission die Maßnahmen nicht durchführen. Allerdings kann ein abgeänderter oder ganz neuer Vorschlag vorgelegt werden.

Durch diese Komitologie-Verfahren wird eine bessere Transparenz im Ausschusswesen der EU geschaffen und die Öffentlichkeit hat Zugriff auf die Ausschussdokumente, da diese in einem öffentlichen Register erfasst werden.