Im Rahmen der Neuorganisierung des deutschen Aktienmarktes und der Einführung der Teilmärkte „Prime Standard“ und „General Standard“ wurde der Neue Markt am 05. Juni 2003 wieder geschlossen. Bis zu diesem Zeitpunkt galt er als privatrechtliches Börsensegment für kleine und mittlere Unternehmen mit schnellem Wachstum. Die Werte kamen dabei sowohl aus zukunftsweisenden (New Economy) als auch traditionellen Branchen (Old Economy).

Als erster Performanceindex des Neuen Marktes galt der Nemax (Neuer Markt Index), der die Werte der Unternehmen abbildete. Am 01. Juli 1999 folgte der Nemax 50, der die 50 größten in- und ausländischen Unternehmen im Neuen Markt wiederspiegelte. Indikatoren zum Einbeziehen in den Index waren die Marktkapitalisierung und der Börsenumsatz der Unternehmen. Trotz der Schließung des Neuen marktes im Jahre 2003 wurde der Nemax 50 noch bis zum 17. Dezember 2004 weiter berechnet. Grund dafür war, die Kontinuität der auf dem Markt begebenen Finanzprodukte zu gewährleisten. Offiziell wurde der Index aber im März 2003 bereits durch den TecDAX abgelöst.

Bis dato galt der Neue Markt neben dem Markt für Wachstumswerte als führende IPO-Plattform in Europa (IPO = Initial Public Offering; dt. öffentliche Erstemission).