Die PayPal-Zahlungen können flexibel über jede mögliche Form abgerechnet werden. Dazu gehören beispielsweise:

1. PayPal-Guthaben
Der Nutzer erhält ein PayPal-Konto und kann dieses beispielsweise via Banküberweisung und speziellem Einzahlungscode (Verwendungszweck) aufladen. Die Zahlungen werden schließlich im Rahmen dieses Guthabens abgewickelt.

2. Direkte Banküberweisung
Hier tätigt der Auftraggeber eine direkte Überweisung vom Bankkonto an den Empfänger unter Nutzung eines transaktionsspezifischen Codes im Verwendungszweck. Dabei wird das Aufladen des PayPal-Kontos also übergangen. Die Gutschrift beim Empfänger erfolgt nach Überweisungseingang.

3. Kreditkartenzahlung
Anstelle eines PayPal-Guthabens werden die Zahlungen über die Kreditkarte abgerechnet. Der Zahlungsempfänger erhält sofort eine Gutschrift.

4. Lastschriftverfahren
Die Zahlungen werden via Lastschrift vom Bankkonto des Auftraggebers abgebucht. Der Empfänger erhält sofort eine Gutschrift auf seinem PayPal-Konto.

Diese Methode kann aber auch mit einer Sicherheitsprüfung durchgeführt werden. Das bedeutet, dass der Empfänger erst nach Zahlungseingang bei PayPal  eine Gutschrift auf dem Konto erhält. Der Zahlungsbetrag wird also erst vom Bankkonto des Auftraggebers abgebucht, um sicher zu gehen.

5. Giropay
Direkte Zahlungsabwicklung über Giropay vom eigenen Bankkonto ist ebenfalls möglich. Auch hier erhält der Empfänger sofort eine Gutschrift auf dem PayPal-Konto.

Charakteristisch dabei ist, dass keinerlei finanzielle Informationen zwischen Käufer und Händler ausgetauscht werden. Weder Kontodaten noch sonstige Informationen werden weitergegeben. Das Bezahlsystem basiert auf der bereits vorhandenen Finanzinfrastruktur für Bankkonten und Kreditkarten und ist ein Echtzeit-Bezahlsystem. Es dient vor allem als optimale Ergänzung zu den herkömmlichen Zahlungsmethoden. Die Nutzer können die Zahlungen kostenlos senden und haben sowohl über den PC als auch über internetfähige Mobiltelefone Zugriff.