Die Rheinoctroi wurde aber auch zur Finanzierung der allgemeinen Rheinschifffahrt genutzt. Genauer gesagt dienten diese Einnahmen zur Abgeltung der erforderlichen Arbeiten am und auf dem Rhein. Aus diesem Grund fand man auch an zahlreichen Stellen des Flusses diverse Zollstellen, an denen die Rheinoctroi erhoben wurde. Die Masse an Zollstellen wurde seit jeher von Vielen beklagt, denn die Schiffe waren gezwungen, an jeder Stelle anzuhalten, was den Transport von Personen oder Gütern drastisch erschwerte und zudem einen enormen Zeitaufwand bedeutete.