Erstmals eingeführt wurde die WKN im Jahre 1955 durch die Herausgebergemeinschaft Wertpapier-Mitteilungen, Keppler, Lehmann GmbH & Co. KG zur Effizienzsteigerung bei der Abwicklung der Börsengeschäfte, der Depotverwaltung und -verwahrung. Es handelt sich hier also um die nationale Wertpapier-Kenn-Nummer von deutschen Finanztiteln. Sie ist bzw. war unter Anderem Voraussetzung für die Zulassung von Wertpapieren zum Börsenhandel.

Im Zuge der Harmonisierung der Finanzmärkte entschied man sich, auch in Deutschland die ISIN einzuführen. Ihre Gültigkeit erlang diese internationale Wertpapier-Kenn-Nummer bereits im Januar 2000, wobei sie erst am 22. April 2003 die bis dato allein gültige WKN ablöste/ ergänzte. Der Aufbau der Kennnummer ist im ISO-Standard 6166 geregelt. Deutsche ISIN beginnen grundsätzlich mit dem Länderkürzel DE und beinhalten zudem die WKN als eine neunstellige Nummer in der Zahlen-Buchstaben-Kombination. Die Prüfung des korrekten ISIN-Aufbaus übernimmt die Association of National Numbering Agencies (ANNA).

Noch ist die ISIN auf dem Vormarsch, wird von vielen Ländern aber bereits als Ergänzung zur nationalen Wertpapierkennung herangezogen. Wichtig dabei ist, dass keine ISIN oder WKN doppelt vergeben wird, da sonst keine eindeutige Identifikation eines Wertpapieres mehr möglich wäre.